Reformy Josefa II. měly za cíl pozvednout Habsburskou monarchii a její jednotlivé země nejen mocensky, ale i ekonomicky a společensky. České země byly nedílnou součástí monarchie a jakékoli změny měly na její fungování výrazný vliv. A především Praha byla odrazem těchto proměn.

Pražské barokní paláce a na ně navazující zahradní kompozice, stejně jako církevní budovy a nespočet barokních měšťanských domů, mohou vyvolat v návštěvníkovi naší metropole z počátku mylný dojem, že Praha je ryze barokním městem. Celá pražská barokní scéna je však přece jen založena na gotickém půdorysu středověké metropole, což platí jak o uliční síti a půdorysech náměstí, tak i o jednotlivých domech, které byly v období baroka ve skutečnosti jen zcela výjimečně novostavbami. Nenapodobitelné kouzlo pražského baroka na rozdíl od jiných evropských barokních měst tak nedisponuje dlouhými, přímými a jednotně řešenými městskými třídami či přísně symetrickými prostory náměstí. Do pražské metropole vstoupilo pravidelné a symetrické barokní umění do předem určené zafixované asymetrické středověké osnovy, kterou respektovalo a zároveň ji zcela jedinečným způsobem využilo a de facto obohatilo.

Celá barokní přestavba probíhala v tomto duchu v průběhu 17. a 18. století, poznamenána evropským válečným konfliktem v podobě třicetileté války, na prahu postupné proměny z císařského sídla na provinciální centrum přenesením správy Českého království z Prahy do Vídně a nástupem protireformace, jejž způsobil rozsáhlou migraci obyvatelstva. K tomu je nutné ještě přičíst velké morové rány proběhlé v roce 1680 a v letech 1713–1715 a nakonec několikeré obléhání, ostřelování a okupování města francouzskými, bavorskými, pruskými a v neposlední řadě i rakouskými vojsky. Za těchto mimořádně nepříznivých událostí je až neuvěřitelné, jak se co do objemu a architektonické úrovně, tak enormní stavební aktivity dokázala pražská metropole proměnit v jedinečnou uměleckou galerii tzv. dynamického baroka. Od druhé poloviny 18. století se však společnost začala obracet zcela jiným směrem v duchu osvíceneckých myšlenek předjímajících vypuknutí velké francouzské revoluce. Zároveň se do popředí dostávala věda, technika, a z toho plynoucí podnikatelské záměry, kterým překáželo nevolnictví a značná konzervativnost celé veřejné správy.

Nutnost reforem si dozajista uvědomovala již Marie Terezie, která na závěr své vlády evidentně s nesouhlasem naslouchala názorům svého syna a následníka Josefa II. Na jeho podnět došlo již v roce 1771 k sérii nápravných opatření ve všech sférách státní správy a veřejného života. Jeho reformní zásahy se týkaly jak církevních institucí, tak i státní správy, přičemž mu šlo do značné míry o racionální využívání finančních prostředků. Většina těchto reforem se bezprostředně dotkla Prahy a projevila se výrazně v jejím stavebním uspořádání.

V církevní sféře bylo zrušením jezuitského řádu v roce 1773 zahájeno redukování církevních institucí, které se plně rozvinulo na základě řady vydaných dekretů císaře Josefa II. v letech 1782–1786. Přitom právě uvolnění po zániku jezuitského řádu mělo vliv na společenské a majetkové změny. Nejvýrazněji se to dotklo budovy Klementina, která měla vzhledem ke své poloze a prostoru v centru Prahy výrazný potenciál využitelnosti. Následující rušení klášterů se týkalo těch z nich, které nepřinášely společnosti žádný zřejmý užitek. Mezi nimi byly také kláštery s bohatou kulturní a historickou tradicí založené vládnoucími rody Přemyslovců a Lucemburků. Byly tak zasaženy nejen instituce chudé, ale zároveň i bohaté, jejichž prostředky měly být využity pro státní financování církevní správy. Mnoho významných církevních staveb, uměleckých děl, knih, soch apod. padlo tehdy za oběť osvíceneckému racionalismu. Celý tento proces probíhal v několika etapách, které zahrnovaly vizitace jednotlivých objektů, soupis movitého i nemovitého majetku a jeho následný rozprodej, případně převod. Zásahy se netýkaly pouze jednotlivých členů řádů a kongregací, ale i vlastních donátorů, mezi kterými nacházíme významné české šlechtické rody - Valdštejnové, Kinští, Pachtové z Rájova, Lobkovicové, Kolovratové, atd..

Chápání josefinských reforem týkajících se rušení je především vnímáno v souvislosti s významnými kláštery, nicméně nezanedbatelnou roli zde hrály i další církevní a městské organizace, zejména špitály. Přestože se mnohdy jednalo o sociální a zdravotnické instituce, podlehly stejnému tlaku jako řády. A nezáleželo ani, jestli byly v soukromém vlastnictví, protože pod císařské rozhodnutí spadaly všechny bez rozdílu.

Většina řádů a špitálů měla vázané finance na pozemky a pohledávky od šlechtických a měšťanských donátorů, kteří na sebe vzali závazek založení, výstavbu, vybavení a udržení provozu objektu. Při zrušení byly tyto prostředky převedeny na jednotlivé fondy, z nichž se následně prováděly platby na další provoz a splácení dluhů a pohledávek. Většina movitého majetku byla prodána v aukcích, v případě budov se hledaly možnosti jejich využití státními a vojenskými orgány. Pokud se nenašel žádný zájemce, tak potom byly objekty prodány formou veřejné dražby. Archivní prameny přitom dokládají, jak často byla situace nepřehledná, a jednotlivé úřady neměly samy přesné informace, v jakém stavu se budovy nacházejí a zda jsou vhodné pro daný účel. Dotklo se to převážně vojenských posádek, které potřebovaly dostatečné zázemí pro jednotlivé vojáky, jejich koně a vybavení. Stávalo se často, že vojáci obdrželi objekt, který měli k dispozici několik měsíců, než se přestěhovali jinam. Zároveň s rušením klášterů a špitálů však došlo k výraznému stavebnímu rozvoji, především díky nově vzniklým fondům (náboženský, studijní), které umožnily realizaci výstavby nových škol, far, kostelů, ale i řady silničních a vodních staveb.

V Praze bylo tak zrušeno 20 klášterů, 38 kostelů a kaplí, z nichž některé byly více méně přestavěny, nebo případně i zbořeny. Přestavba církevních objektů se stala významnou stavitelskou aktivitou profesora Františka Leonarda Hergeta a zrcadlila dobové přesvědčení o nutnosti omezit církevní moc a vybudovat nová kvalitní sociální a zdravotnická zařízení. To už však Herget nepatřil jen k vedoucímu představiteli Stavovské inženýrské školy, ale zároveň zastával další novou prestižní pozici. Nástupem Josefa II. na trůn se vystupňovaly modernizační snahy zasahující do všech sfér života společnosti a v souvislosti s tím se v osmdesátých letech 18. století začalo uvažovat o centralizaci stavebnictví ve všech korunních zemích monarchie. Nakonec vznikl centrální Úřad generálního dvorského stavebního ředitelství (Generalhofbaudirektion) o třech menších ředitelstvích, mezi které patřilo Generální stavební ředitelství (Generalbaudirektion), dohlížející na stavby ve všech provinciích monarchie. Tomu podléhalo Zemské stavební ředitelství (Landesbaudirektion) v Praze, v jehož čele stanul jako první vrchní ředitel právě Herget, zastávající tento úřad až do své předčasné smrti v roce 1800. Do řady stavebních projektů tak zasahoval před rokem z pozice profesora Stavovské inženýrské školy a po roce 1788 i z funkce vedoucího Zemského stavebního ředitelství. Některé objekty začaly sloužit zcela jiným účelům, jako např. klášter Na Františku se proměnil v jakousi směsici dílen a chudinských obydlí. Stejně tak klášter sv. Jiří na Pražském hradě byl určen pro vojenské sklady a kasárna. Na obranu Josefa II. je však třeba uvést, že některé církevní objekty byly naopak využity pro sociální a zdravotní služby, jako např. byla všeobecná nemocnice, porodnice s nalezincem, ústav pro choromyslné nebo sirotčince, starobince a chudobince.

Josefínské reformy se dotkly mnoha oblastí, a právě tehdy se začaly uplatňovat stavební předpisy, navazující na rok 1782, kdy byl vydán požární řád. V roce 1789 si magistrát vyhradil právo schvalovat všechny projekty pro novou výstavbu, a dokonce i pro přestavbu existujících domů. Tyto události se tak staly jakousi předzvěstí budoucích asanačních zásahů a vytyčování nových uličních čar, kterým padlo v následujících desetiletích za oběť mnoho vzácných a památných objektů.

Většina zrušených církevních budov však sloužila dál a záleželo pouze na vztahu investora, uživatele a projektanta k historické podstatě předchozí stavby. Vyklizené budovy byly nabídnuty vojenskému eráru pro kasárna, sklady, zásobárny a učiliště, dále nejrůznějším typům nemocnic a opatrovacím ústavům. Část se jich také proměnila na obytné domy, dílny a továrny a ve výjimečných případech byly také využívány pro kulturní účely.

Názorným kartografickým svědkem těchto proměn města je Hergetova mapa Prahy, zpracovaná roku 1791 při příležitosti korunovace Josefova nástupce Leopolda II. Zachycuje základní změny vyvolané Josefovými reformami a mnohé dosavadní církevní objekty označuje buď jako „bývalé“ nebo u nich uvádí jejich nové funkce, pokud nejsou již vůbec zaznamenány, protože se prodaly do soukromých rukou či byly zbořeny.

Zároveň se snaha o ozdravění města a zlepšení jeho hygienické situace promítla do prvních návrhů pražské podpovrchové kanalizace, které Herget vypracoval z podnětu pražského magistrátu již v roce 1787. Samotná výstavba započala až roku 1791 a táhla se dlouhá léta. Herget, který původně odhadoval stavbu kanalizace na jeden rok, se jejího dokončení v roce 1828 nedožil.

Přestože se nástupem Leopolda II. a zejména jeho syna Františka II. výrazně proměnila dosavadní modernizační atmosféra a od josefinských reforem se postupně upouštělo, i v devadesátých letech 18. století pokračovaly adaptace bývalých kostelů na různé typy domů, mnohdy již v klasicistním stylu. Herget u nich přinejmenším z titulu své úřední pozice nechyběl. Můžeme proto konstatovat, že se jako stavitel, odborný expert nebo přímo jako stavební ředitel významnou měrou podílel na proměně Prahy konce 18. století.